Tổng giám mục Michel Aupetit sinh ngày 23 tháng 3 năm 1951, tại Versailles nước Pháp. Thời niên thiếu, chàng thanh niên sinh trưởng tại Chaville và Viroflay.[2] Với quyết định hướng đến việc trở thành bác sĩ, do đó, sau khi tốt nghiệp trung học tại trường công lập Lycée Hoche ở Versailles, cậu tiếp tục theo học tại Trường y khoa Bichat (còn gọi là Đại học Paris VII) và năm 1976, cậu đậu văn bằng tiến sĩ y khoa. Sau khi tốt nghiệp, vị bác sĩ trẻ đến làm chuyên gia y tế ở Colombes, một thị trấn nhỏ ở ngoại ô Paris, ngoài ra, bác sĩ Aupetit còn là một nhà nghiên cứu chuyên sâu về về đạo đức sinh học và đã giảng dạy phân môn này ở bệnh viện Henri Mondor, tọa lạc tại Créteil.[3] Năm 1994, Aupetit tốt nghiệp bác sĩ y khoa và nhận văn bằng đạo đức y khoa và tiến đến làm việc tại Colombes trong khoảng thời gian hơn 10 năm, từ năm 1979 đến năm 1990. Sau đó, ông quyết định đến với con đường tu trì và theo học tại chủng viện Saint-Augustin, và tốt nghiệp cử nhân thần học.[2]

Nói về xuất thân và gia đình mình, Aupetit chia sẻ:[3] "Không ai trong gia đình tôi thực hành đạo, ngoại trừ mẹ tôi, là người đến nhà thờ mỗi ngày Chúa Nhật. Tôi không phải là chú giúp lễ cũng không phải là một hướng đạo sinh, và tôi chưa từng theo học tại một trường học Công giáo. Cha tôi không bao giờ đến nhà thờ. Nhưng mẹ tôi đã dạy tôi và hai anh em tôi cầu nguyện.